A estrutura de governança da COOPCAP segue os princípios do cooperativismo: gestão democrática, transparência e participação dos cooperados.
Órgão responsável por traçar as diretrizes estratégicas da cooperativa e supervisionar a atuação da diretoria executiva, eleito pela Assembleia Geral.
Responsável por fiscalizar a gestão econômica e financeira, analisando contas, balanços e a regularidade dos atos administrativos da cooperativa.